Mustafa Kemal'in İttihat ve Terakki Cemiyeti'ne yönelttiği eleştiriler ve savunduğu fikirler, onun Selanik'ten uzaklaştırılması gerektiğinin düşünülmesine neden olur. Bu çerçevede Cemiyet Genel Merkez yönetimi, Mustafa Kemal'in Meşrutiyet'e karşı çıkan isyanı bastırmak amacıyla Trablusgarp'a gönderilmesini kararlaştırır. Böylece İttihat ve Terakki Cemiyeti'nin ilk genel kongresinin toplanacağı, milletvekili seçimlerinin yapılacağı, cemiyet-hükümet ilişkilerinin şekilleneceği bir dönemde Mustafa Kemal, Selânik'ten uzaklaştırılır.
1908 yılının sonlarında Trablusgarp'a giden Mustafa Kemal, isyanı kışkırtan derebeylerinin şehri basıp kendisini öldürmeye karar verdiklerini öğrenir. Bu olay üzerine şöyle der: "Arkadaşların beni ne için Trablusgarp'a göndermiş olduklarını o zaman daha iyi anladım ve tedbirlerimi de ona göre derhal aldım."
Mustafa Kemal, Trablusgarp'taki isyanı bastırır ve devlet otoritesini hakim kılar. 1909 Ocak ayında da Selanik'e geri döner.
Bir beyanında "Meşrutiyetin ilanından sonra teşkilat yapmak için Trablusgarp'a gönderilmiştim. Her defa orada İttihat ve Terakki Kongresi'ne delege seçiliyor, fakat gitmiyordum. Bir defa yalnız bu maksadı anlatmak için gittim. Maksadımı kabul ettirdim. Fakat muvaffakiyet, yalnız kongrenin teorik kararında kaldı. Tatbik edilmedi. İttihat ve Terakki'nin bazı şahısları ile aramızda Meşrutiyet'ten sonra başlayan fikir ihtilafları nihayet derecede şiddetlendi ve hemen bu ana kadar devam etti." sözlerinden, Mustafa Kemal'in 1908 yılında Trablusgarp'a giderken aldığı görevinin sadece isyanı bastırmak olmadığını, orada İttihat ve Terakki teşkilatı kurmak görevinin de bulunduğunu anlaşılmaktadır.